1089 entstand der Orden der Zisterzienser als Reformbewegung im benediktinischen Mönchtum. Weitab von besiedeltem Gebiet sollten die Mönche den benediktinischen Grundsatz „Bete und arbeite“ verwirklichen. Bernhard von Clairvaux (1090-1153) führte den Orden von Citeaux zu seiner Blüte.
Auf Ersuchen des Kölner Erzbischofs Philipp von Heinsberg zogen zwölf Mönche der Abtei Himmerod in der Eifel unter Führung von Abt Hermann zur Gründung der Abtei Heisterbach aus. Als sie am 22. März 1189 ankamen, bezogen sie die verlassenen Gebäude einer Augustinereremitenklause auf dem Petersberg. 1202 war die Umsiedlung ins Peterstal (Heisterbach) abgeschlossen.
Die Abteikirche wurde am 18. Oktober 1237 konsekriert. Mit 88 m Länge übertraf dieser Bau, der zisterziensische und niederrheinische Bauelemente vereint, alle romanischen Kirchen Kölns, außer dem damaligen romanischen Dom.
Über 600 Jahre prägten Gebet und Arbeit der Mönche die Region, bis durch die Säkularisation von 1803 auch Heisterbach aufgehoben wurde.
Am 18. Oktober 1804 bot die bergische Landesregierung die Abtei vergeblich zum Kauf an. 1809 wurde die Abteikirche zum Abbruch verkauft und die Steinquader zum Bau des Nordkanals zwischen Venlo und Neuss und später zum Bau der Festung „Ehrenbreitstein“ bei Koblenz verwendet.
1820 erwarb der Graf zur Lippe-Biesterfeld das Gelände innerhalb der Klostermauern. Der von ihm unter Einbeziehung der Chorruine errichtete englische Park, ließ Heisterbach zum beliebten Motiv der Rheinromantik werden.
Als 1919 die Cellitinnen nach der Regel des hl. Augustinus den Gesamtkomplex erwarben, zog wieder klösterliches Leben in die alten Mauern ein.
Am 18. Oktober 1984 wurde die „Stiftung Abtei Heisterbach“ gegründet. Sie hat sich die Pflege und Erforschung dieses Kulturerbes zur Aufgabe gemacht.